Câu chuyện xoay quanh cô bé Suzumiya Haruhi, học sinh mới nhập trường, với lời tuyên bố trước lớp: “Tôi không thích người bình thường. Nếu các người là người ngoài hành tinh (Allien), người tới từ tương lai, hoặc siêu nhân, thì hãy nghĩ đến chuyện làm bạn với tôi.
Một thiên tài vật lý với ước mơ chế tạo Cánh cửa thần kỳ của Doraemon... nay đã trở thành một NEET!? Và giờ đây anh phải trở thành giáo viên trung học theo lệnh của tiểu muội mình!? Không những thế còn vào cái trường toàn học sinh có vấn đề!? Rồi cái mạng anh liệu có được bảo toàn trước đám học sinh tinh nghịch... hay chính anh sẽ là người cải tạo bọn chúng!?
2 chàng trai, chưa từng gặp nhau trước đó: Tsukushi Tsukamoto, không hề có kỹ năng đặc biệt nào cả, nhưng lại có trái tim đam mê cuồng nhiệt và Jin Kazama, một thiên tài bóng đá, cũng chính vì thiên tài nên luôn bị cô lập.
Học sinh năm hai Hikari Tsutsui là một "2D otaku" thứ thiệt, bị thu hút bởi thế giới 2D trong những quyển sách và thiết bị của cậu. Một tai nạn kỳ quái đã đưa cậu vào một mối quan hệ với Iroha Igarashi xinh đẹp và những ngày cậu bị cô bạn gái làm phiền bắt đâu. Hãy cùng Hikari lội qua những con sóng để đánh bay cái otaku ra khỏi cậu.
Komiya Nonoka, một cô gái đã từng sống tại thị trấn hồ Kiriya, tại đây cô đã gặp một cô gái tóc xanh tên Noel. Bảy năm sau, khi Nonoka quay trở về lần nữa thì thị trấn lúc này đã có một vật hình đĩa lơ lửng trên bầu trời. Và khi gặp lại Noel, Noel nói giờ đến lượt Noel sẽ thực hiện lời hứa thành hiện thực.