Sau khi cả 17 Angel đều đã bị tiêu diệt, SEELE đã biết được kế hoạch của chỉ huy Ikari Gendou và quyết định mở một cuộc tổng tấn công chiếm lại các Eva, Adam và Lilith. Với lực lượng quân đội JSSDF và bộ Eva Series gồm 9 Eva trắng, cả trụ sở đều bị tổn hại nặng nề và Unit-02 không thể một mình kháng cự nổi. Cho tới khi Ikari Shinji bước vào buồng lái Eva Unit-01.
Câu chuyện về những cuộc gặp gỡ và chia cắt; Đây là một movie mang lại những xúc cảm xúc động đến trái tim của một người, mà mọi người đã trải nghiệm ít nhất một lần.
Là bản OVA đầu của season 2, nội dung thì vẫn cứ harem và ecchi thế thôi. Vẫn là chuyện một thằng con trai bao lạc lõng trong một cái trường toàn gái dạy lái robot rồi vớt hết mấy em hoa khôi ở đó
Morikawa Kokone - một nữ sinh sắp bước vào kì thi đại học cứ hay ngủ gật cả ngày. Thêm vào đó, cô bé liên tục gặp phải những giấc mơ kỳ lạ. Những giấc mơ khác thường về các cỗ máy dường như cố cho cô biết về bí mật gia đình mình.
Nữ sinh Kyouko với lối sống ngang ngạnh, quậy phá, chẳng tin vào bất cứ điều gì trên đời, bỗng 1 ngày gặp gỡ chàng giảng viên thực tập Honda Katsuya. Một người mạnh mẽ, lại hay cố tỏ ra tử tế như Katsuya dần bị thu hút bởi Kyouko sau những lần bị chế nhạo.