Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Chuyện diễn ra tại 1 nơi mà con người đã làm chủ được bầu trời. Nơi đây tồn tại 1 chủng tộc người khác được biết đến dưới tên gọi Edel Raid. Họ ngoài hình dáng giống con người ra chỉ khác ở chỗ trên cơ thể họ có gắn thêm viên đá Erementar Gerad.
Utsutsu và Yume Hasegawa đã phải sống nương tựa vào nhau từ nhỏ. Một ngày, Yume nhìn thấy những con bướm màu đỏ và cơ thể của cô bé bắt đầu biến đổi! Câu chuyện cảm động về tình anh em bắt đầu
London thế kỷ 19, trong thủ đô của nó, nơi có một bức tường chia phía đông và phía tây của Vương quốc Albion. Năm nữ sinh trung học, đăng ký vào trường Queens Fair Fair có tiếng tăm, tham gia vào các hoạt động gián điệp liên quan đến cải trang, thâm nhập, đuổi theo xe ô tô, và nhiều hơn nữa. Những cô gái này tận dụng khả năng đặc biệt của họ và bay vòng quanh thế giới bóng tối.
Sakimori Kagami role-play một nhân vật tên 「Dunbalf」 vốn là một triệu hồi sư được trọng vọng và cũng là một trong Cửu Đại Hiền Nhân trong VRMMO-RPG 【Ark-Ars Online】. Trong lúc đang chơi cậu vô tình ngủ quên và khi tỉnh dậy phát hiện ra thế giới ảo đã hóa thành hiện thực.