Vào thời Edo, Rin, con gái của một đường chủ võ đường đã bắt đầu cuộc hành trình báo thù cho cha mẹ mình. Trên chặng đường, Rin đã tìm đến một người được mệnh danh là Bách Nhân Trảm (Giết trăm người) có tên là Manji để cầu xin sự giúp đỡ của anh. Và từ đó cuộc hành trình báo thù của Rin và Manji, người đàn ông bước đi trong dòng đời bất tận bắt đầu từ đây
Câu chuyện xoay quanh Chiari, một nữ sinh cấp 2 sống trong một thế giới nơi mà con người và những thú cưng đá quý (Jewelpets) sống chung và học tại Học viện Jewel
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.
Sử dụng Pokémon Ngân hàng, bạn sẽ có thể chuyển Pokémon bạn đã bắt gặp trong Nintendo 3DS phiên bản Virtual Console của Pokémon Red, Pokémon Blue, và Pokémon Yellow thành bản sao của Pokémon Sun hay Pokémon Moon. Pokémon Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X và Pokémon Y cũng có thể được đưa vào Pokémon Sun và Pokémon Mặt trăng trong cùng một cách.