Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Trong tương lai xa, chiến tranh đã hủy diệt toàn bộ Trái đất, chỉ để lại một vùng đất hoang cằn cỗi, nơi nguồn cung cấp nước được kiểm soát bởi tên vua tham lam. Để tìm kiếm một hồ nước đã mất tích từ lâu, cảnh sát trưởng Rao đã nhờ đến sự giúp đỡ của vua quỷ
Mười năm trước, "Cổng" xuất hiện và kết nối thế giới thực với vương quốc ma thuật và quái vật. Để chiến đấu với những con thú hèn hạ này, những người bình thường đã nhận được sức mạnh siêu phàm và được gọi là "Thợ săn".
câu chuyện xảy ra trong một trại hè, 15 trẻ em, 8 nam và 7 nữ, tìm thấy một hang động biển. Sâu thẳm trong họ phát hiện ra máy tính làm việc và một số thiết bị điện tử, và sau đó là chủ sở hữu, một người đàn ông được gọi là Kokopelli.
Vương quốc Metallicana đang bị Four Lords of Havoc tấn công. Nhóm nhân vật phản diện này - bậc thầy ninja Gara, nữ hoàng sấm sét chết chóc Nei Arshes, Kall-Su lạnh lùng và tính toán, và linh mục hắc ám bí ẩn Abigail