Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Kể về cuộc phiêu lưu của Kino qua các quốc gia khác nhau (Kino là con gái đấy xem phim này mà không khéo là sẽ bị nhầm ngay) cùng với người bạn là chiếc Motor có tên là Hermes biết nói của mình. Mỗi quốc gia Kino đi qua đều có những truyền thống khác nhau và rất thú vị ở chỗ là có những truyền thống hết sức lạ đời hoặc hết sức là là tốt đẹp. Mời các bạn thưởng thức rồi sẽ rõ.
Haruka đang cùng trải qua kỳ nghỉ hè cuối cùng trước khi lên cấp 3 với những người bạn thân Yuu, Atsuka, Takuya, Miho thì bỗng dưng cô gặp một người đàn ông tên là Karasu - kẻ tự nhận mình là Yuu trong tương lai – nơi mà toàn bộ sự sống được mã hóa trong một máy tính lượng tử khổng lồ. Haruka bị bắt cóc đến một Chiều không - thời gian Lacryma vì cô sở hữu khả năng chống lại Shangri-La - một đơn vị không - thời gian khác đang cố gắng nuốt tất cả các không - thời khác vào hư vô. Haruka và những
Câu chuyện xoay quanh Chiari, một nữ sinh cấp 2 sống trong một thế giới nơi mà con người và những thú cưng đá quý (Jewelpets) sống chung và học tại Học viện Jewel
Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.