diễn ra tại ngôi trường CLAMP, với chương trình giảng dạy tích hợp của nó từ mẫu giáo đến các nghiên cứu sau đại học, được thành lập bởi các đế chế lớn nhất của doanh nghiệp Nhật Bản, Nhà của Imonoyama. Tài trợ hoàn toàn ra khỏi túi sâu riêng của mình, người ta hy vọng rằng các trường học sẽ là một thiên đường cho những người đàn ông trẻ tuổi và phụ nữ mà trên vai tương lai của chúng ta sẽ nghỉ ngơi.
Ngôi làng của Shu bị tấn công bởi những tên địch, cậu ta và bạn mình, Jiro và Kluke quyết định bảo vệ quê nhà. Họ sớm gặp chiến binh Zola và nhận được năng lượng của Shadow, khả năng biến những bóng của họ thành những quái vật siêu phàm. Shu nhận được quái vật có sức mạnh ghê gớm nhất, Blue Dragon, và họ cùng nhau chiến đấu chống lại kẻ thù.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Musashi sống với cha mình. Mẹ của cậu đã rời đi ba năm trước đây. Musashi tin rằng bà sẽ quay trở lại với họ. Một ngày họ chuyển từ Tokyo đến một ngôi làng ở nông thôn. Musashi ghét sống ở nông thôn và yêu cầu cha của mình để đưa cậu ấy trở lại Tokyo.
Theo dõi các cuộc phiêu lưu và khai thác của SAM, một droid tình bạn cao cấp, thuộc tầng lớp hoàng gia, người đã tham gia cùng với một robot bảo trì kỳ quặc, bị vứt bỏ và một kẻ chạy trốn, chết người.