Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi
kể về việc sau khi Tsubasa di chuyển từ São Paulo (Brancos trong anime) để Barcelona (Catalunya trong anime), Kojiro Hyuga được mua bởi Juventus (FC Piemonte trong anime). Tsubasa chơi rất tốt trong đào tạo, hiển thị tất cả các kỹ năng của mình, nhưng huấn luyện viên người Hà Lan Van Saal (Edward trong anime, lấy cảm hứng từ Louis van Gaal
Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ.
Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Mireille Bouquet là một sát thủ chuyên nghiệp. Cô đã cùng cô gái Nhật Kirika Yumura làm "một cuộc hành hương về quá khứ". Họ cùng nhau tìm sự thật về một tổ chức hàng ngàn năm tuổi đã kiểm soát cuộc sống của họ kể từ khi sinh ra. Và đầu mối duy nhất trong cuộc tìm kiếm của họ, tên mật của họ: một cái tên nói đến một thiên mệnh cổ xưa, của hai thiếu nữ cai quản cái chết - Noir được xem là anime đầu tiên trong bộ 3 anime về girls-with-guns gồm Noir, Madlax và El Cazador de la Bruja.