Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Vào ngày đầu đi học của mình tại trường Trung Học Toudou, Nagi Souichiro và bạn của cậu ta – Makihara Bob đã có ý định choảng bất cứ tên nào mà họ thấy ngứa mắt (để lấy số), theo cách mà họ đã từng làm ở những ngôi trường trước kia. Nhưng họ đã sớm nhận ra rằng Todou không phải là một ngôi trường bình thường. Nói một cách chính xác hơn thì ngôi trường này được thành lập để dạy học và hòa nhập các kiểu đánh nhau của học sinh. Học sinh của trường có rất nhiều người giỏi việc đánh đấm, có một số
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi
Kaname Sudou, một học sinh cao trung, người đã bị hút hồn vào một trò chơi bí ẩn có tên là “Trò chơi của Darwin”. Cậu đã tham gia vào một trò chơi đời thường nơi mà quyết định sự sống hay cái chết.