A few months have passed since the VF Circuit, and Aichi is now in High School. However Aichi is in a different high school than most of his friends, a high school where the instructors focus on looking towards the future.
Rachel (13 tuổi) tỉnh dậy và thấy mình bị mắc kẹt trong tầng hầm của một tòa nhà bỏ hoang. Không còn nhớ gì cả thậm chí là một manh mối, cô lang thang trong tòa nhà, mệt mỏi và chóng mặt. Rồi cô tình cờ gặp một gã quấn khăn khắp mình, tự giới thiệu mình là Zack và cầm một thứ như lưỡi liềm.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Được thiết lập vào thời điểm chiến sự, bối cảnh ở Tây Âu. Eleonora Viltaria, một trong 7 Vanadis của Zhcted, dẫn dắt cuộc chiến chinh phục Brune. Có 7 Vanadis được đặt tên như vậy là vị họ nhận được một vũ khí mạnh mẽ từ loài rồng, mỗi người họ nắm giữ một vùng lãnh thổ, họ gieo rắc nỗi sợ cho những quốc gia thù địch.