Lấy bối cảnh sau khi cả thế giới bị tàn phá bởi chiến tranh hạt nhân, dưới sự cai trị tàn bạo của Đế Chế Thế Giới, người dân bị đàn áp vô cùng tàn bạo. Một nhóm quân kháng chiến đã âm thầm chiến đấu nhằm đập tan ách thống trị của Đế Quốc trong khi tất mọi người đều bị cấm vũ trang.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Đây là phần cuối cùng của Initial D First Stage giờ đây Takumi và Shinji của trận đấu như vậy, khai mạc vào ngay lập tức. Shinji được đưa ra dẫn trước. Bunta bước ra khỏi cửa hàng đậu phụ và phá vỡ keypouch của mình sau khi vô tình bị rơi xuống. Bunta đoán một sự kiện không may sẽ xảy ra.
Trong thời đại mà Samurai thống trị Nhật Bản… Shinsengumi đã bị xóa sổ bởi một kẻ tấn công vô danh, chỉ duy nhất một người còn sống sót sau trận chiến. Để bảo vệ an ninh của Kyoto, một chiến dịch thay thế tuyệt mật được thực hiện.
Joe Higan là một Nukenin - một cựu ninja đã trốn thoát khỏi gia tộc của mình và đang trốn tránh quá khứ bạo lực của mình ở vùng nông thôn nước Mỹ cùng gia đình. Một đêm nọ, anh bị phục kích bởi một nhóm sát thủ từ tổ chức cũ của anh