Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Trò chơi nguy hiểm vẫn tiếp tục sau nhiều biến cố cực kỳ ly kỳ, liệu Ruuko có sử dụng Iona, liệu Ruuko có thể gặp lại Tama, liệu cả 3 người Yuzuki, Hitoe và Ruuko có thể trở lại được như lúc trước
Vào ngày 1 tháng 5 năm 1945 tại Berlin, khi Hồng quân nâng lá cờ Xô viết trên Reichskanzlei, một nhóm các sĩ quan Đức Quốc xã tiến hành nghi thức. Đối với họ, việc giết mổ trong thành phố không chỉ là một nghi lễ hoàn hảo, một nhóm siêu nhân có thể sẽ mang lại sự hủy diệt của thế giới. Nhiều năm sau, không ai biết được nhóm sĩ quan này đã thành công hay liệu họ đã sống hay đã chết.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.