Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
ể về Ayumi Mamiya là một phù thủy nguyền rủa để mất sức mạnh của mình và chỉ một người có thể phá vỡ chính tả. Haruo Yoshikawa nghĩ rằng anh ấy là một cậu bé bình thường nhưng không hề quen biết ba chị em gái của ông có sức mạnh kỳ diệu và giữ anh ta bảo vệ và không biết gì về các exsistence của ma thuật.
Asta and Yuno were abandoned together at the same church and have been inseparable since. As children, they promised that they would compete against each other to see who would become the next Emperor Magus. However, as they grew up, some differences between them became plain.
Urushiba Rinka, một cô gái cao trung sống một cuộc sống nghèo khó, vất vả. Bỗng một ngày cô gặp một đàn chim cánh cụt bay qua bầu trời và những con cá bay lượn tung tăng, vâng, chính xác là bay lượn tung tăng, và những con cá đó lại bị đàn chim cánh cụt truy đuổi. Đúng lúc đó, đột nhiên Rinka bị một con cá bay xuyên qua người, và từ ấy cô sở hữu siêu năng lực "vượt qua mọi giới hạn vật lý" hay chúng ta vẫn gọi là "đi xuyên tường". Rinka cùng một người khác cũng mang trong mình siêu năng lực là
Tsuwabuki Masaharu - còn được gọi là Haru -là 1 học sinh trung học bình thường . Bạn bè thường xuyên nhắc nhở cậu phải mở rộng quan hệ và giao tiếp với người khác , nhưng điều này dường như quá khó với cậu ta . Và 1 ngày , cuộc sống của cậu bị đảo ngược 180 độ khi cậu bị biến thành 1 con búp bê ... Và cách duy nhất để cậu trở lại bình thường là cùng 1 cô gái được chọn thu thập đủ 7 ngôi sao rơi từ bầu trời - đó chính là 1 cô bé tên Akihime Sumomo