hai nhân vật chính, Koma Jinguji (Jay), một chủ tịch hội học sinh thông minh, đẹp mã. Nụ cười thanh lịch của cậu đã cướp đi trai tim của bao cô gái. Và Tsubasa Hayakawa là một trợ lý quán cafe đa tài. Cafe latte của cậu và nghệ thuật latte cú rất nổi tiếng với khách hàng nữ.
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ
Sau khi đánh thức sức mạnh của Huyết Thánh Nữ, Tamaki và các Hộ Thần cuối cùng phong ấn thành công Onikirimaru. Tuy nhiên, cơ thể của Takuma lại bắt đầu thay đổi bởi dòng máu Quỷ Đế chảy trong huyết quản của mình. Trong khi mối quan hệ giữa những Hộ Thần vẫn còn đang căng thẳng, Logus lại tiếp tục hành động.
Câu chuyện xoay quanh "Chronos Rulers", những người chống lại những quỷ ma thời gian xuất hiện khi mọi người muốn họ có thể quay lại thời gian. Chronos Rulers chiến đấu chống lại một cuộc chiến tranh chống lại những con quỷ này.
Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn