Được ra từ xác chết trong máu lẫn bùn lầy lội. Guts đã luôn phải tồn tại giữa ranh giới của sự sống và cái chết. Sau khi phải chịu đựng cả một tuổi thơ khủng khiếp, anh dành cả cuộc đời sau này tiếp tục chém giết, dùng sức mạng để tìm ra ý nghĩa sống cho riêng mình
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Sau chiến tranh, những Extend tồn tại rất nhiều khắp đường phố, họ là những người đã bị biến đổi để trở thành một món vũ khí nguy hiểm. Inui Juuzou cũng là một Extend như thế. Anh không còn chút ký ức gì về cuộc sống trong quá khứ của mình, cũng không nhớ ai đã thay cái đầu của mình thành một khẩu súng khổng lồ.
Sau buổi THE REFLECTION, một số người ở khắp mọi nơi trên thế giới đã khám phá sức mạnh siêu nhiên. Một số thì trở thành anh hùng, một số thì theo tà phái. Reflection diễn ra như thế nào? Nguyên nhân của nó là gì? Với nhiều bí ẩn chưa được giải quyết, thế giới đang dần hỗn loạn
Ở thành phố thịnh vượng Russell, một lời tiên tri đe dọa sẽ làm khuấy động thế giới bắt đầu được nổi dậy. Một người đàn ông tên Sword là người đầu tiên nghe được kế hoạch náo động này và anh đã tự dấn thân mình vào cuộc chiến trong bóng tối với mục đích vạch mặt kế hoạch đó.