Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Được chuyển thể từ game Phim diễn ra trong một thế giới đầy “Light” và tuyệt vọng. “Quân đoàn nhân dân Mobile” là thực thể duy nhất có thể đứng lên chống lại 10 “Light” để giữ cho thế giới không gặp sự tận diệt.
Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
Ragna, một thợ săn trẻ hợp tác với thợ săn rồng giàu kinh nghiệm, Leonica. Cả hai bắt tay vào một nhiệm vụ đối đầu và chiến đấu với loài rồng. Mong muốn duy nhất của Ragna là được sát cánh cùng Leonica, ngay cả khi bản thân anh không trở nên vô cùng mạnh mẽ
Bất chấp lời cảnh bảo của các nhà khoa học về khả năng hai cực của Trái Đất sẽ bị xoắn lại, hai cường quốc lớn vẫn lao vào cuộc chiến tranh sử dụng lực từ. Động đất và sóng thần xảy ra, phá hủy phần lớn nền văn minh nhân loại.