Season 2 vẫn tiếp tục câu truyện về Khuyên ấn Orpheus và Phi Brain, nhưng những trận đấu thì ngày càng nóng lên. Một thế lực mới, một nhóm những thiếu niên tự xưng là Hậu Duệ Orpheus xuất hiện thách thức Kaito và những người bạn. Một cuộc chiến mới lại bắt đầu.
Câu chuyện xoay quanh một trò chơi trực tuyến tên là The World, 4 năm sau sự kiện Twilight. Dư chấn của sự kiện này không chỉ ảnh hưởng đến thế giới trong game, mà cà thế giới thật. Shugo và Rena là 2 cặp an hem song sinh đã bị cuộc ly dị của bố mẹ chia lìa. 2 người họ đã đạt được giải thưởng đặc biệt từ nhà phát hành game, và giải thưởng đó là hình mẫu chibi của các nhân vật huyền thoại trong The World.
Ringarindo là một vùng đất có tường bao quanh. Bức tường bao bọc, bảo vệ, trồng trọt và chăm sóc vùng đất này. Bức tường là thần… nó là nền tảng của vùng đất Ringarindo. Một ngày nọ, một người đàn ông bí ẩn tên là Back Arrow xuất hiện ở làng Essha, ngoại ô Ringarindo.
Từ khi còn nhỏ, Natsume Takashi đã có khả năng nhìn thấy những thứ có lẽ được gọi là yêu quái. Chính vì khả năng này mà cậu gặp khó khăn trong cuộc sống do không có ai hiểu cậu. Câu chuyện bắt đầu khi Takashi quyết định thừa kế “Sổ Bè Bạn” của bà mình. Natsume Reiko, tên của bà ấy, cũng có khả năng nhìn thấy yêu quái như cậu và sau khi kế thừa quyển sổ cậu dần hiểu ra lý do tại sao mình luôn là mục tiêu của cả yêu quái tốt lẫn xấu. Sau khi hiểu rõ về ý nghĩa của “Sổ Bè Bạn” cậu cùng vệ sĩ tự
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”