Câu chuyện của tiểu thuyết tập trung vào Koguma, một nữ sinh trung học ở Yamanashi. Cô không có cha mẹ, bạn bè hoặc sở thích. Cuộc sống hàng ngày của cô khá trống rỗng. Một ngày nọ, Koguma có được một chiếc xe máy Honda Super Cub đã qua sử dụng.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
câu chuyện về Takt, một nhạc trưởng, đã hợp tác với một Musicart tên Unmei. Cậu mong muốn âm nhạc được quay trở lại thế giới, còn Unmei mong muốn phá hủy D2. Vì thế cả hai đã cùng đồng hành để có thể thực hiện mục tiêu của mỗi người.
Nằm phía bên dưới thủ đô Toyko, có tồn tại một thế giới vô cùng rộng lớn và chưa ai từng biết, được gọi là Thế Giới Ngầm. Ở đó mọi người đều sở hữu một sức mạnh điều khiển nguyên tố, là những người có khả năng kiểm soát được các nguyên tố : Lửa, nước, sét, từ tính, băng v.v.
Quỷ Cốc truyền nhân – quý tộc nước Hàn là Vệ Trang, 12 năm trước vốn là đồng môn sư đệ với Cái Nhiếp, lúc nào cũng nung nấu ý định đánh bại Cái Nhiếp, đoạt lấy danh hiệu đệ nhất kiếm. Vì vậy y đã bất chấp nhục thân, tu luyện cấm thuật của Quỷ Cốc phái, thực lực cao thâm khôn lường. Lý Tư dùng Cái Nhiếp làm mồi nhử, dụ Vệ Trang xuất kích.