Nhân viên cửa hàng sách nhút nhát Kosuke Mikado có khả năng nhìn thấy ma và linh hồn, một khả năng mà anh ta ước gì anh ta không có, vì những gì anh ta nhìn thấy thường khiến anh ta kinh hãi. Rihito Hiyakawa, một nhà trừ tà có sức mạnh siêu nhiên cũng như sức mạnh xã hội của anh ta yếu đi, dường như không sợ bất cứ điều gì, dù là sinh tử hay khác
Bộ truyện được thiết lập trong tương lai xa, trong đó Trái đất được chia làm hai. Bán cầu nam được đặt trong một không gian khác trong khi các cư dân của bán cầu bắc có thể biến thành quái vật giống như con người. Cuối cùng con người của bán cầu nam, dẫn đầu bởi Uranus, tấn công Beasts
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ
Nakajima Atsushi bị tống cổ ra khỏi trại trẻ mồ coi, đang trên bờ vực của cái chết khi thì quyết định đi cướp để tự cứu sự sống của mình nhưng cậu đã vướng vào rắc rối khi cứu đc thánh cuồng tự tử -Dazai Osamu, để rồi biết anh ta và cộng sự của anh ta là Kunikida là thành viên của một tổ chức "đặc nhiệm thám tử". Họ là những người sở hữu năng lực vượt ngoài tầm của nhân loại.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm). Mỗi tập phim là một câu chuyện khác nhau kể về hành trình tiêu diệt các Mushi của Ginko, đầy màu sắc huyền bí và ảo ảo