Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower
bối cảnh của tương lai sắp tới, khi mà con người đã nắm vững quy trình nhân bản. Con người có thể nhân bản mọi sinh vật dù sống hay đã chết. Nhưng việc nhân bản con người là điều luôn bị cấm kị. Tuy nhiên, một nhóm người có âm mưu đen tối vẫn lén lút thực hiện công việc đó
Haru Irei, who witnessed the 1/1 scale RX-78-2 Gundam in Odaiba, becomes inspired to build Gunpla, which is a portmanteau of Gundam Plastic model kit. Haru purchases a one of a kind gunpla, the GPB-X80 Beginning Gundam.
Năm 2065, Trái đất có nguy cơ bị hủy diệt. Một ngôi sao băng đã va chạm với hành tinh xanh mở đầu cho cuộc đổ bộ hàng triệu sinh vật ngoài vũ trụ xuống Trái đất. Những cánh đồng và thành phố bị tàn phá nặng nề bởi những kẻ dã thú. Chỉ còn lại thành phố New York với vài người sống sót qua thảm họa. Nhưng quân xâm lược đã bắt đầu tiến sát tới những thành phố rìa ngoài được xây dựng để bảo vệ những cư dân cuối cùng của Trái đất. Thời gian còn lại chẳng bao nhiêu, ngày tận thế càng đến gần.
Một phần về Precure mới. Lần này nói về sự tấn công của Byogen , những sinh vật có âm mưu lan truyền bệnh tật cho trái đất. Rabirin , Peguitan và Nyatoran đã hộ tống công chúa khỏi Healing Garden đến trái đất nhằm chữa trị cho nó.