Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
kể về đô vật đeo mặt nạ Genzō Shibata, người thích tất cả các loại động vật và sinh vật. Một ngày nọ, anh ta được triệu tập đến một thế giới khác, nơi một công chúa yêu cầu anh ta giúp tiêu diệt những con thú ma thuật, nhưng anh ta nổi điên và cho cô ăn ngay một chiêu German Suplex. Thay vào đó, anh bắt đầu cuộc sống như một chủ cửa hàng thú cưng ở thế giới khác.
Kokonose Chuta "lẩm bẩm" không có nhiều bạn bè, mà thực ra, ngoại trừ người thân thì người duy nhất cậu nói chuyện là giọng nói trong đầu cậu. Dần dần thì cậu cũng nhận ra không phải cậu bị điên, chỉ là có một người ngoài hành tinh sống trong cơ thể cậu.
Câu chuyện lấy bối cảnh tại Đặc khu Akatsuki, một khu vô luật pháp ở Tokyo. "Helios" là những người sử dụng khả năng hình xăm để bảo vệ thành phố, "Artemis" cam kết duy trì an ninh và kiểm soát, đồng thời có động cơ thương mại mạnh mẽ, và "Công an đặc biệt" là Scard Staff của cảnh sát đô thị. Phòng ban. Họ sống qua những ngày sóng gió để tiếp tục đi tiếp.
Trên lục địa bị cai trị bởi sự hỗn loạn, các chúa tể có quyền lực của một dấu ấn thánh thần có thể làm dịu sự hỗn loạn và bảo vệ người dân. Tuy nhiên, trước khi ai đó nhận ra điều đó, các nhà cai trị đã gạt tín ngưỡng của họ sang 1 bên để làm sạch sự hỗn loạn, và thay vì bắt đầu chém giết lẫn nhau để có được sự thống trị của nhau.