Câu chuyện tập trung vào nhân vật chính 16 tuổi sau khi được chuyển đến Trung học Shujin ở Tokyo. Ở lại với bạn bè của cha mẹ mình, anh gặp hai bạn học,và biến hình sinh vật giống như con mèo được gọi là Morgana.
Cha mẹ của Inaba Yuushi đã chết trong năm đầu tiên khi cậu học trung học, và cậu chuyển đến nhà họ hàng. Mặc dù họ quan tâm đến cậu, nhưng cậu luôn nghĩ mình là gánh nặng.
Ichiro, một họa sĩ truyện tranh, hầu như không đủ sống. Kể từ khi cha mẹ qua đời, anh phải chịu trách nhiệm chu cấp cho hai người em trai của mình. Bởi vì anh ta không có thời gian để tìm hiểu những điều phức tạp của máy tính. Anh ta sẽ phải làm gì với một cây bút và tờ giấy.
Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn
Shimazu Toyohisa, trong khi tham gia vào các trận chiến Sekigahara, Toyohisa thấy mình được đưa đến một hành lang của cửa ra vào, nơi mà một người đàn ông đeo kính ở bàn đợi anh ta. Người đàn ông này, Murasaki, gửi Toyohisa vào cánh cửa gần nhất nơi mà anh tỉnh dậy trong một thế giới khác.