Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Chỉ cần giữ trong tay Cuốn sách Đỏ và hô to thần chú, 1 luồng sét sẽ phóng ra bất kỳ lúc nào. Từ khi cậu bé Gash kỳ lạ xuất hiện, cuộc sống của 1 thiên tài khi mới chỉ là học sinh trung học, Kyomaro, đã thay đổi lớn. 1 cuộc chiến để chọn ra 1 vị vua cho Thế Giới Yêu Tinh giữa 100 Yêu Tinh (demon). Số phận của Kyomaro và Gash Bell sẽ ra sao? 1 cuộc chiến thực sự căng thẳng đã bắt đầu! Trong cuộc chiến để dành được vị trí cao nhất, Gash Bell và Kyomaro đã phải trải qua rất nhiều khó khăn và cũng
Chuyển thể từ game đi động cùng tên là câu chuyện về một anh chàng tỉnh dậy ở thế giới phép thuật không có ký ức gì và Cuộc phiêu lưu của chàng trai ấy và các nữ pháp sư xinh đẹp bắt đầu.
Một năm sau cuộc chiến với Innovator, Ban và những người bạn mới và cũ tiếp tục chiến đấu để ngăn cản kế hoạch thôn tính trái đất của Detector
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.