Một ngày nọ, một chiếc hộp đen bỗng dưng đâm sầm vào nhà của cậu học sinh bỏ học Naoto Miura.Bên trong đó là một nữ automata.Chu kì vô tận của thất bại và thành công. Một thế giới đổi thay cùng loài người không hề thay đổi. Vào thời điểm khi mà thực tại và ảo tường cùng gào thét, cuộc gặp gỡ của họ khiến cho chiếc bánh răng của số mệnh bắt đầu xoay chuyển!
Vào một đêm hè 2006, khi còn là hai chú bé, hai anh em Mutta (1993) và Hibito (1996) đã nhìn thấy một vật thể lạ bay tới mặt trăng. Họ đã quyết định trong đêm đó rằng tương lai sẽ trở thành những phi hành gia bay vào vũ trụ. Năm 2025, Hibito đã trở thành một phi hành gia và chuẩn bị bay lên mặt trăng.
Rin, một cô gái năng động và thích ăn uống, sống ở một ngôi làng xa xôi.Và sâu trong cung điện hoàng gia trong thành phố thủ đô, cô ca sĩ Finis dành cả ngày trong cô độc. Hai người đều có khả năng đặc biệt mà không ai khác có.
Lấy bối cảnh của một xã hội đang chìm trong hỗn loạn khi mà Nhân loại buộc phải chung sống với mọi loài quái vật, yêu ma, quỷ quái trên khắp thế gian. Những tên quái vật hắc ám ấy được loài người gọi chung bằng một cái tên là "Ám Trú Nhân / Cư dân bóng đêm" hoặc đơn giản hơn là Darkstalker. Dưới sự bành trướng của các Darkstalker, Nhân loại đã phải sống trong cảnh cơ cực khi mất đi ánh mặt trời.
Câu truyện kể về Aoba Watase, một cậu học sinh theo học tại một trường ở Tokyo và sống một cuộc sống bình thường. Vào buổi sáng hôm khai giảng sau kỳ nghỉ hè, cậu tới trường như thường lệ. Và cậu vô tình gặp Jyunjyou Dio Weinberg . Cuộc gặp này sẽ sớm làm thay đổi vận mệnh thế giới.