Hinako Nakayama đã trải qua cả cuộc đời mình được nuôi dưỡng trong các trại trẻ mồ côi của nhà nước mà không hề biết gia đình cô. Khi cô ấy bước vào trường trung học, Hinako được tiếp cận bởi Hikaru, một cậu bé tự nhận là người anh em sinh đôi của mình. Theo Hikaru, Hikaru và Hinako là những đứa trẻ của người đứng đầu gia đình Onigashima yakuza hùng mạnh
Mashiro Moritaka, một học sinh trung học rất nhàm chán với cuộc sống hiện tại và cả tương lai mờ mịt của mình, cậu chỉ duy nhất có tài năng vẽ. Bỗng đến một hôm, một người bạn cùng lớp tên Takagi Akito đã đề nghị cậu cùng hợp tác làm manga, do kinh nghiệm từ người chú của mình vốn cũng từng là một mangaka thất bại nên Mashiro đã rất đắn đo trước đề nghị này. Với sự giúp đỡ của Takagi, cậu đã giúp cho Mashiro tỏ tình với người mà Mashiro thích, Azuki Miho. Và với mong muốn sau này sẽ kết hôn với
Hirose Takuma là một cậu học trò bị mù mà không thể nào xác định được nguyên nhân. Để chữa trị bệnh tình, cậu đã được chuyển đến sống ở một ngôi làng với chú của mình. Ở nơi đó, cậu đã gặp vài cô gái, và có ba trong số đó nổi bật hơn hẳn những người khác. Họ là Kohinata Hayami, Kangura Hinata và cả (Kangura) Otaha. Cô bé Otaha đã chữa được bệnh mù của Hirose trong một thời gian tạm thời. Và khi cậu ta nhìn lại được, cậu đã giúp đỡ những cô gái còn lại khỏi rắc rối. Hirose nhận ra là Kohinata
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
Câu chuyện xoay quanh hai học sinh đến từ hai đất nước khác nhau, hiện đang học tại Học Viện nội trú Dahlia. Kí túc xá thuộc nước Touwa - "Nhà Hắc Khuyển" - dẫn đầu bởi thủ lĩnh Romio Inuzuka và kí túc xá thuộc vương quốc Tây phương - "Nhà Bạch Miêu" - do Juliet Percia làm thủ lĩnh