Hiiragi Kyouichirou đi từ thị trấn tỉnh đến Tokyo để theo học đại học. Anh mang theo thanh kiếm của gia đình để bảo vệ bản thân. Khi cậu đến Tokyo, cậu bị cuốn vào âm mưu của quân đội Hoàng gia.
nguyên tác vốn là bộ manga khoa học viễn tưởng cực nổi tiếng của tác giả Shotaro Ishinomori, được đăng trên tuần san Shonen King từ những năm 1964. Manga đã từng 3 lần được chuyển thể thành TV Anime, 4 tựa phim chiếu rạp (mới nhất là 009 Re:Cyborg năm 2012). Được biết, câu chuyện của Cyborg 009 Call of Justice sẽ kể về Joe Shimamura cùng những cyborgs (nửa người nửa máy) khác đối đầu với Bresudo
Câu chuyện kể về thành phố Ayanagi, một thành phố gần biển Nhật Bản. Nó là một thành phố của tương lai đã được xây dựng để phục hồi từ thảm họa gây ra bởi "hội chứng thờ ơ" mười năm trước. Học sinh trung học Shin Kanzato cùng với em trai của cậu là Jun, theo lời anh trai Ryo , cảnh sát trưởng thành phố Ayanagi, đã đến Ayanagi . Tại thời điểm đó, một loạt các sự cố kỳ lạ xảy ra tại thành phố Ayanagi như thủy thủ đoàn của một chiếc tàu ngầm đột nhiên biến mất trong tàu ngầm của họ, hoặc một triệu
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".