Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật.
Kể về một tương lai không xa, android giống con người bắt đầu lan rộng trên toàn thế giới. Các công ty sản xuất android SA Corp sản xuất Giftia, một thể loại mới của Android có cảm xúc và phẩm chất con người. Tuy nhiên, do các vấn đề về công nghệ, các android khi qua một khoảng thời gian nhất định sẽ không được giữ lại nữa
Hibino Kafka một thanh niên vốn bất mãn với việc làm tại công ty vệ sinh chịu trách nhiệm xử lí xác kaiju.
Tại thành phố Judoh, Claire Leonelli được thừa kế quyền lãnh đạo nhóm Mafia "Vampire" sau cái chết của cha mình. Để giữ cho Claire và các hoạt động tội phạm khác trong tầm kiểm soát, Cục An toàn Đô thị của thành phố có đặc nhiệm Daisuke Aurora của Bộ phận Dịch vụ Đặc biệt và siêu android có mật danh "J"
Năm 1972, con người đã phát hiện ra một cổng dịch chuyển trên mặt trăng, nhờ đó đã có thể đi lại dễ dàng và phát triển một xã hội mới trên Sao Hỏa. Nhưng cũng từ đây chính là nguồn cơn tạo nên cuộc chiến tranh giữa hai hành tinh