Ở tương lai, khối liên minh loài người tại dải ngân hà vẫn đang phải liên tục chiến đấu để chống lại một thứ gọi là “Hideous”. Trong lúc cuộc chiến đang diễn ra cao trào thì Redo, một trung úy trẻ và vũ khí di động hình người của mình đã bị hút vào một lổ hổng không gian.
Biến dạng, đêm đen phủ đến vô tận.Nơi đen tối nuốt chửng tất cả mọi thứ, giành hết mọi thứ......được gọi là Cõi Vô Minh.Và nơi đó đã sinh ra......những dị sinh phản chiếu đậm nét sự tuyệt vọng và hỗn loạn của nhân loại. Chúng còn được gọi với cái tên... Imashime.
Vào ngày đầu đi học của mình tại trường Trung Học Toudou, Nagi Souichiro và bạn của cậu ta – Makihara Bob đã có ý định choảng bất cứ tên nào mà họ thấy ngứa mắt (để lấy số), theo cách mà họ đã từng làm ở những ngôi trường trước kia. Nhưng họ đã sớm nhận ra rằng Todou không phải là một ngôi trường bình thường. Nói một cách chính xác hơn thì ngôi trường này được thành lập để dạy học và hòa nhập các kiểu đánh nhau của học sinh. Học sinh của trường có rất nhiều người giỏi việc đánh đấm, có một số
Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.