tiếp nối phần 1 kể về anh chàng MacGyver là điệp viên ngầm của chính phủ. Không như những nhân vật tương tự trong các series về điệp viên khác, thay vì được cung cấp đầy đủ các thiết bị hiện đại, nam chính MacGyver thực hiện nhiệm vụ bằng cách áp dụng kiến thức của bản thân về khoa học, vật lý.
Choi Kang (Eric Mun) là một kẻ ăn bám ở nhà. Anh rất khó để tìm việc vì thành tính bất hủ và bị trục xuất khỏi trường phổ thông vì tội đánh nhau. Choi Kang rất hãnh diện vì khả năng đánh đấm của mình nhưng em trai anh làm việc trong tập đoàn LK coi thường anh ta. Sau đó nhờ những may mắn mà một phụ nữ nói với anh, anh đã có thể gặp thổng thống và làm việc trong KSA ( Nhân viên mật vụ hàn quốc). Thêm vào đó anh còn dành được tình cảm của 2 cô gái khác. (Bộ phim còn có tên: Korea Secret Agency,
kể về 97 năm sau khi một thảm họa hạt nhân giết chết mọi sinh vật tồn tại trên Trái Đất. Một bộ phận loài người thoát nạn và đã sống bên ngoài vũ trụ được 3 thế hệ. Khi nguồn tài nguyên, lương thực, không khí ngày một cạn kiệt, họ quyết định đưa 100 tội phạm thiếu niên xuống Trái Đất để thử nghiệm xem liệu điều kiện và môi trường ở đó có phù hợp cho loài người quay trở lại sinh sống hay chưa.
Emily Thorne, tên thật là Amanda Clarke, chuyển về The Hamptons để trả thù những người gây ra cái chết của bố cô, David, và phá hủy gia đình cô. Khi còn bé, bố của Amanda đã bị bắt vì bị vu cho tội khủng bố, và bị kết án phản quốc. Ông chết trong tù. Emily thấy cuộc đời của cô đã bị hủy hoại, cô bị bắt vào trong trại giam vị thành niên, và vào ngày sinh nhật thứ 18, cô được thừa kế tài sản do bố cô để lại. Cô thay đổi tên họ thành Emily Thorne và quyết định quay về trả thù những người chịu
dựa trên tiểu thuyết cùng tên của tác giả Philip K. Dick. Bối cảnh bộ phim là một thế giới khác khi Phát xít Đức chiến thắng chiến tranh thế giới thứ 2.