Vào 1863 khi kỷ nguyên samurai rối ren sắp chấm dứt, Nhật Bản bị chia rẽ giữa các phe phái ủng hộ và thống trị phiến quân. Số phận của thế giới bị đe dọa như là một đội quân của các nhà cải cách lịch sử được gửi từ tương lai để thay đổi quá trình lịch sử
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
The Bakumatsu was an era in which the souls of young men burned with anxiety for their countrys future. Takasugi Shinsaku, a soldier of fortune from Choshu, sneaks aboard a government ship with his comrade Katsura Kogorou in search of a mysterious "timepiece" with the power to manipulate time that he fears the government wishes to keep for themselves
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Được ra từ xác chết trong máu lẫn bùn lầy lội. Guts đã luôn phải tồn tại giữa ranh giới của sự sống và cái chết. Sau khi phải chịu đựng cả một tuổi thơ khủng khiếp, anh dành cả cuộc đời sau này tiếp tục chém giết, dùng sức mạng để tìm ra ý nghĩa sống cho riêng mình