Ayaka Kagari, một cô gái tài năng trong thể thao, xuất sắc trong học tập, đứng đầu tất cả mọi thứ. Dĩ nhiên cô cũng có phép thuật mạnh nhất trên trái đất. Nhưng mục đích của cô là phải bảo vệ Honoka Takamiya, bạn cùng lớp của cô ấy bằng mọi giá.
Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật.
Câu chuyện lấy bối cảnh tại thành phố Neo Tokyo năm 0051 G.C. (Galaxy Century). Đã nửa thế kỷ trôi qua kể từ khi nhân loại bắt đầu cuộc sống ngoài vũ trụ. Con người đã đạt được công nghệ định vị với tốc độ ánh sáng, và đã xây dựng cuộc sống trên những hành tinh cùng với người ngoài hành tinh.
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Kể về một tương lai không xa, android giống con người bắt đầu lan rộng trên toàn thế giới. Các công ty sản xuất android SA Corp sản xuất Giftia, một thể loại mới của Android có cảm xúc và phẩm chất con người. Tuy nhiên, do các vấn đề về công nghệ, các android khi qua một khoảng thời gian nhất định sẽ không được giữ lại nữa