Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Biến dạng, đêm đen phủ đến vô tận.Nơi đen tối nuốt chửng tất cả mọi thứ, giành hết mọi thứ......được gọi là Cõi Vô Minh.Và nơi đó đã sinh ra......những dị sinh phản chiếu đậm nét sự tuyệt vọng và hỗn loạn của nhân loại. Chúng còn được gọi với cái tên... Imashime.
Ngay trước chiến tranh thế giới thứ 2, Kasumi Kenshiro thuê một giáo sư khá im lăng và hay đãng trí để dạy văn học cho một trường cao đằng nữ sinh nhỏ ở Tokyo. Từng là tông sư đời thứ 62 của Hokuto Shinken " Thần quyền của sao phương Bắc" và có được Yan Wang là danh hiệu"Vua cái chết" và người gìn giữ hòa bình ở "thành phố ác quỷ".
Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Câu chuyện xảy ra vào thời Edo ở Tokyo vào những năm 1700. Tướng quân đời thứ 8 – Tokugawa Yoshimune đã cho người lập những hòm thư để người dân có thể bày tỏ nỗi lòng của mình. Sau đó ông đã lập nên lực lượng hành pháp Mushibugyou để bảo vệ người dân của mình. Mỗi một thành viên trong tổ chức đều là những người xuất chúng.