Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Câu chuyện bắt đầu từ sự phản bội của Kì Lần - Judas và Phượng Hoàng - Luca, họ đã bị bị Chúa giam giữ ở địa ngục. Sau một ngàn ngày đêm, họ đã trốn thoát với một ý định trả thù Chúa và tạo ra một thế giới địa ngục. Ngay sau đó, những Thần Hộ Mệnh được gửi đến trần gian đã bắt đầu dần biến mất, trên Thiên Đường không ai có thể giải thích điều này. Bốn vị Thánh Thú đã được Nữ Thần kêu gọi, sau đó họ đã đến trần gian và kiểm chứng về những việc đang xảy ra. Khi đến nơi họ đã gặp một Thần Hộ Mệnh
1 thằng dại gái đi với 1 con bé siêu chảnh, sau đó gặp 1 con nhóc hám tiền và 1 đứa con gái suốt ngày thích chơi bịt mắt bắt dê, sau đó có thêm 1 chàng xác ướp và 1 em hám giai vào pt
Có một thành phố được ngăn cách với bên ngoài bởi biển. Nơi đây tập trung phần lớn các nhà thám hiểm và các thương nhân từ khắp mọi nơi trên thế giới về. Thành phố được xem như là kho báu có giá trị to lớn đối với thế giới. Câu chuyện diễn ra tại 1 tòa biệt thự nằm ven biển, thành viên trong đây được biết đến là tổ chức Oasis, gồm 1 chàng trai và ... cô gái
Karin Hanazono là một cô bé bình thường, không giỏi thể thao, lại luôn bị điểm kém, cô bé sống cùng người dì sau khi cha mẹ mất...Cho đến một ngày, Shii-chan - vật cưng và cũng là người bạn thân duy nhất, chỗ dựa tinh thần của Karin qua đời, cuộc sống của cô bắt đầu thay đổi.Một kẻ đáng ghét tên là Kazune xuất hiện khi cô đang đau buồn vì chuyện của Shii-chan, và rồi.