Watanuki luông bị những Ayakashi này quấy nhiễu và cậu ta khao khát được thoát khỏi điều này. Vào một ngày nọ, khi đang chạy thoát khỏi một đám Ayakashi, Watanuki vô tình “bước” vào một ngôi nhà kì quặc giữa thành phố hiện đại. Tại đây, Yuuko Ichihara, chủ ngôi nhà này, bảo với Watanuki rằng nơi đó là một cửa hiệu biến ước muốn thành sự thật , và đổi lại là một cái giá cân bằng
Ở Harajuku có tin đồn trong giới trẻ là có một nơi tên Ura-Harajuku do một phù thủy Nina điều hành nhằm đáp ứng điều ước thầm kín của những vị khác. Phương pháp của cô là cảm xúc thật sâu trong trái tim, vậy liệu khách hàng có đánh đổi để thực hiện mong muốn?
Gia tộc Phantomhive nhiều đời làm “người dọn dẹp” trong bóng tối của hòang gia Anh. Chủ nhân hiện tại của Phantomhive là Ciel Phantomhive, một cậu bé 12 tuổi với tính cách khá lạnh lùng. Ciel là người quản lý công việc kinh doanh của Phantomhive và cũng là người khiến nó ngày càng phát triển hơn
Khi còn là một cô bé, Kotoko đã bị youkai bắt cóc. Những youkai này đã biến cô thành kẻ trung gian mạnh mẽ giữa hai thế giới, nhân – yêu. Nhưng sức mạnh nào thì cũng phải trả cái giá đắt cho nó, một con mắt và một cái chân chính là cái giá mà Kotoko phải trả
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.