Yuzuka Hanami có một cuộc sống bình thường như bao nhiêu người khác,vẫn sống và học tập ở một trường trung học.Số phận cô bỗng chốc thay đổi kể từ khi cô được tiếp cận với một sinh vật bí ẩn từ đâu xuất hiện trước mặt cô,chính sinh vật này đã tiết lộ cho cô biết thân phận thật sự của mình.
Muốn đạt được thứ gì phải đưa ra một thứ gì khác có giá trị tương đương Đó là quy tắc cơ bản nhất mà mọi nhà giả kim đều ghi nhớ và thấu hiểu. Thế nhưng, Edward Elric và Alphonse Elric đã bỏ qua quy luật ấy, cố gắng dùng thuật giả kim đưa người mẹ đã chết trở về với trần gian. Hậu quả, Ed mất đi chân trái, Al mất toàn bộ cơ thể, vì vậy Ed chịu hi sinh thêm cánh tay phải để trao đổi lấy linh hồn Alphonse và gắn nó vào một bộ áo giáp
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Hadzuki, một nữ sinh trung học. Cô sống chung với bạn cùng lớp và cũng là người cô phải lòng - Hatsumi. Bi kịch xảy ra vào ngày sinh nhật thứ 16 của Hatsumi, khi cô biến mất trong một vầng sáng xanh trước mắt Hatsuki( khi em này đang chuẩn bị lấy đi sự trong trắng của Hatsumi). Hadzuki đã lên đường tìm kiếm người yêu với sự giúp đỡ của một cô phù thủy loli... còn tiếp theo thì đợi download đã.
Asagiri Aya, là một cô gái bị bắt nạt cả ở trường lẫn nhà. Một ngày, một website ghê sợ, trang web Mahou Shoujo, hiện lên trên màn hình và đón mời cô vào thế giới Mahou Shoujo.