Cốt truyện xoay quanh cậu bé tên Ueki được trao cho sức mạnh siêu nhiên để tham gia vào các trận thi đấu để trở thành vị thần kế vị trên thiên đàng, cậu bé đã dần dần tập họp được một nhóm khi tham gia cuộc thi và họ đã cùng nhau chiến đấu vì lý tưởng của mình.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Câu chuyện xoay quanh Ani, một công chúa đến từ quốc gia nhỏ, Inako. Ani được gửi đến một buổi ký kết sẽ mang lại hòa bình đến nước đối đích là Mildonia, một quốc gia quân sự, và Selefaren, một nước dân chủ hùng mạnh. Ani đáng lẽ phải đưa buổi ký kết diễn ra tốt đẹp, nhưng cô đã gặp phải rắc rối khi gặp phải những anh chàng hoàng tử.
Xoay quanh cuộc phiêu lưu và chiến đấu của Ushio Aotsuki, người khám pha ra những bí mật của dònh họ rồi sau đó dính đến những rắc rối, những việc ma quái và một con vật có thể tàng hình có hình dạng giống hổ.
Các nhân vật chính là Chrono Shindo , Shion Kiba , và Tokoha Anjo …,họ tất cả đều có trong tay những lá bài,mỗi lá bài là những loài vật mà họ sử dụng để chiến đấu trong những cuộc thi với nhau và với những người bạn khác.