Neo, Morpheus, Trinity và các đồng sự còn lại của mình tiếp tục cuộc chiến với những người nổi dậy của đế chế máy móc. Giờ đây ngày càng nhiều có nhiều con người được đánh thức khỏi ma trận và họ cố gắng để trở về với cuộc sống thực của mình. Và mặc dù ngày càng nhiều người được trở về với thực tại bọn người máy vẫn nổi dậy và cuộc chiến đã diễn ra tại thành phố Zion, thành phố duy nhất mà sự sống của loài người còn tồn tại.
Bối cảnh của bộ phim là tương lai xa xôi, tại thành phố Chicago, dân cư được chia thành 5 nhóm người riêng biệt với những tố chất và tính cách hoàn toàn khác nhau. Mỗi con người khi được quyết định phân vào nhóm nào sẽ sống và làm việc theo những nhiệm vụ đặc thù của nhóm mình. Trong đó, nhóm Dauntless chỉ dành cho những kẻ dũng cảm, liều lĩnh và mạnh mẽ, giữ nhiệm vụ bảo vệ thành phố và người dân.
Một sinh vật bí ẩn được biết đến với cái tên Ink đánh cắp linh hồn của những đứa trẻ và truyền vào tiềm thức sự tuyệt vọng thông qua những cơn ác mộng...
hành trình sống còn của một nhóm phi hành gia trên trạm vũ trụ sau khi họ tiến hành thử nghiệm với máy gia tốc hạt và gây ra những hậu quả khôn lường.
Những người lính chiến đấu với Androids (người máy) có khả năng tự nhận thức và mở cuộc chiến tận diệt loài người.