bối cảnh ở một thế giới tương lai, khi đất nước con người ở năm 2025, một loại máy móc đặc biệt -kikou đột nhiên xuất hiện và tấn công loài người trên trái đất.Biết bao nhiêu con người và gia đình rơi vào cảnh li tan, những thành phố mới đó tươi đẹp bỗng chốc trở thành những chốn hoang tàn đầu mùi tử khí.
một thế giới mà ai ai cũng sở hữu pháp thuật, và câu chuyện của chúng ta sẽ xoay quanh hai nhân vật Yuno và Asta – những đứa nhỏ bị bỏ rơi trước cổng nhà thờ tại một ngôi làng nhỏ tên Hage.
Trong Cuộc chiến Chén Thánh, các Pháp sư (Master) và các Anh linh (Người hầu) của họ chiến đấu để giành quyền kiểm soát Chén Thánh—một thiết bị ban điều ước toàn năng được cho là có thể đáp ứng mọi mong muốn
Một ngày nọ, một chiếc gương trong phòng của Kokoro đột nhiên bắt đầu sáng lên trước mắt cô, vì cô đã mất chỗ ở trường và bị giam giữ trong phòng của mình. Cô bước qua tấm gương sáng để tìm một tòa nhà bí ẩn giống như lâu đài. Có bảy người ở trong hoàn cảnh tương tự như Kokoro.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower