Mọi việc khởi đầu vào năm 1753 khi chiếc quan tài chứa xác của Lia de Beaumont trôi dạt trên sông Seine vào bờ tại Paris. Quá đau buồn, D’Éon de Beaumont cố tìm kiếm nguyên nhân cái chết của chị gái mình. Để tìm ra sự thật và giúp linh hồn Lia yên nghỉ, D’Éon tiếp tục con đường của chị mình mà không biết có quá nhiều bí mật đằng sau cái chết của Lia. Rồi D’Éon sẽ tìm thấy những bí mật gì đây?
Khi DArtagnan đến Tokyo để tìm kiếm niềm vui, cô phát hiện một cảnh tượng khó quên: Lucifer đang hát dưới công viên. Từ giây phút đó, dù cô ấy đang ngủ hay thức, trái tim của DArtagnan sẽ không ngừng đập vì một lý do nào đó.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
tiếp nối phần 1 còn khá nhiều bỡ ngỡ và hấp dẫn khác, chính điều này mà các nhà phát hành đã cố gắng tạo ra sự đặc biệt hơn trong cách quản lý các trò chơi được tương tự như vậy được xây dựng trên cùng một nguyên tắc thúc đẩy không ngừng, vui vẻ hành động đóng gói.
300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến.