Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Thiên thần Alexiel do hợp tác với yêu tinh mà bị thượng đế trừng phạt mà đầu thai làm con người là Sestuna Mudo và đem lòng yêu chính em gái của mình.Vì thế Mudo bị mọi người khinh rẻ,cả người mẹ cũng chối bỏ anh.Chỉ có Kỉra-senpai ở bên anh,nhưng Kira cũng không phải con người,và anh cũng mang trong mình 1 bí mật ....đáng thuơng ! Rosiel em trai của Alexiel không chịu được cảnh chị mình là Alexiel yêu người con gái khác nên muốn giết chết Sara.Cuối cùng để bảo vệ Sara Kira-senpai,thiên thần
Tại một tương lai không xa, con người phải đối đầu với một chủng loại sinh vật nguy hiểm tên là Demoniacs-1 dạng quái vật sinh ra từ xác người chết và có thể ký sinh vào cơ thể con người đồng thời biến họ thành quái vật. Câu chuyện xoay quanh các thành viên của đội đặc nhiệm XAT, Xenogenesis Assault Team-chuyên săn lùng các Demoniacs.
cuộc sống của anh chàng Hideki Motosuwa, một anh chàng trượt đại học và đang học luyện thi tại Seki ở Tokyo. Vốn là một chàng trai thật thà và khiêm tốn lớn lên ở nông trang, anh có rất ít kinh nghiệm với phụ nữ. Bên cạnh một người bạn gái thì điều mà anh ta mong muốn đã lâu chính là có được một persocom. Persocom là từ chỉ chung những người máy mang hình dáng con người được sử dụng như thông thường như một loại máy tính cá nhân.
Cốt truyện sẽ xoay quanh thời đại tương lai, các nhà khoa học đã chế tạo ra “con người hoàn hảo” để bảo vệ hòa bình nhân loại. Nhưng những “con người hoàn hảo” ấy đã bị bắt cóc bởi một tổ chức tội phạm nhằm thực hiện một mưu đồ