Câu chuyện về cuốn tiểu thuyết gốc xoay quanh Souhei Saikawa, một thành viên của Research Lab Saikawa. Trên một kỳ nghỉ được tổ chức cho các phòng thí nghiệm, anh gặp Moe Nishinosono, con gái của người thầy của mình, người đã gia nhập nhóm vào kỳ nghỉ của họ mặc dù không phải là một phần của các phòng thí nghiệm.
Bộ phim Nogizaka Haruka no Himitsu xoay quanh đôi bạn Yuuto Ayase và Haruka Nogizaka Yuuto là một chàng trai bình thường, đặc biệt không thích con gái vì bị sensei và chị của mình hành hạ. Còn Haruka là một cô gái xinh đẹp, thông minh và giàu có. Điều đó khiến cho các học sinh khác thần tượng hoá cô ta. Thậm chí họ còn đặt cho cô ta những cái tên tiếng Pháp như là “Nuit Étoile” (Ánh sao bạc trong đêm) và “Lumiere du Clavier” (Nàng công chúa toả sáng bên dương cầm). Câu chuyện bắt đầu khi Yuuto
Shion no Ou dựa theo câu chuyện của Yasuoka Shion, một cờ thủ 15 tuổi của cờ Shougi với một quá khứ bi kịch. Cha mẹ của Shion đã bị sát hại dã man trước mặt cô khi cô mới 5 tuổi. Kẻ sát nhân ngồi xuống và thách đấu Shougi với cô, nếu cô muốn sống sót, cô nên quên cách nói chuyện, và quên những gì đã xảy ra đêm đó.
Sawatari Izumi 14 tuổi cùng người em gái, Mitsuki 13 tuổi đã dắt nhau bỏ nhà ra đi. Lang thang khắp nơi để kiếm việc làm nhưng đều thất bại. Tình cờ họ đi ngang qua một biệt thự, thấy tấm poster tuyển hầu gái.
Bầu trời rộng lớn kết nối tới mọi thứ... Tới con người... tới biển cả... tới những thành phố... và cả đêm tối nữa... Bên kia bầu trời chính là màn đêm. Nơi đó cũng có một bầu trời được kết nối với bầu trời đang hiện hữu trên chúng ta... Thế nên... mình đi dưới bầu trời... Cái bầu trời mà hai người họ đã tặng cho mình... Nè! Bầu trời! Ta thích mi lắm!