Đã nhiều năm trôi qua kể từ khi loài người bị đẩy đến bờ vực tuyệt chủng bởi sự xuất hiện đột ngột của các dạng sống chưa từng được biết đến, Gadoll. Những người còn sống hiện đang ở bên trong một pháo đài di động cao 3000m, Deca-dence, được xây dựng để bảo vệ nhân loại khỏi Gadoll.
Giai thoại bi tráng về những Nữ hạm ngày đêm chiến đấu nơi tiền tuyến với kẻ thù bí ẩn từ biển sâu để bảo vệ hòa bình nhân loại.
Vào một đêm hè 2006, khi còn là hai chú bé, hai anh em Mutta (1993) và Hibito (1996) đã nhìn thấy một vật thể lạ bay tới mặt trăng. Họ đã quyết định trong đêm đó rằng tương lai sẽ trở thành những phi hành gia bay vào vũ trụ. Năm 2025, Hibito đã trở thành một phi hành gia và chuẩn bị bay lên mặt trăng.
câu chuyện xảy ra trong một trại hè, 15 trẻ em, 8 nam và 7 nữ, tìm thấy một hang động biển. Sâu thẳm trong họ phát hiện ra máy tính làm việc và một số thiết bị điện tử, và sau đó là chủ sở hữu, một người đàn ông được gọi là Kokopelli.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ