Arata, một cậu bé vốn đã mất niềm tin vào người khác bị lạc vào một thế giới kì lạ và bị ghép vào tội ám sát công chúa. Cậu bất ngờ dùng được Hayagami - một loại vũ khí của thần, từ đó cậu bắt đầu một cuộc chiến chống lại 12 Shinsho để phục thù cho công chúa và cứu thế giới khỏi loạn lạc.
Chuyện về Minazuki Haruka và Kannazuki Aoi ở học viện thánh Cherine. Sáng thì đi học tối đi cosplay angel đứng đường chiến đấu chống các ác.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
kể về khi Majin thức dậy từ sâu thẳm của bóng tối, các vị thần của số phận đã chọn sáu người anh hùng và truyền lại cho họ sức mạnh để cứu thế giới. Adoretto, một cậu bé người từng nói rằng mình mạnh nhất trên Trái đất, đã được lựa chọn trong số các Rokka không Yuusha (Heroes of the Flowers Sáu), và ông đi đến điểm hẹn – nhưng bảy đã tụ tập ở đó. Các anh hùng nghi ngờ rằng một người nào đó trong số bảy là kẻ thù, và nghi ngờ ban đầu rơi vào Adoretto.
Trò chơi nguy hiểm vẫn tiếp tục sau nhiều biến cố cực kỳ ly kỳ, liệu Ruuko có sử dụng Iona, liệu Ruuko có thể gặp lại Tama, liệu cả 3 người Yuzuki, Hitoe và Ruuko có thể trở lại được như lúc trước