Shun Tokinoya là học sinh trung học năm thứ hai sống cùng mẹ và em gái. Sau khi cha anh qua đời trong một vụ tai nạn và em gái anh bị thương, anh đã bỏ trò chơi mà mình yêu thích và hiện làm việc tại một quán cà phê thể thao điện tử tên là "FOX ONE".
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
bối cảnh thành phố Tokyo hiện đại trong tương lai.Một trường trung học cơ sở biến thành một trạm quản lí thời gian và không gian ở thế kỉ 24.Ở nơi này mọi người có thể đi đến tương lai và quá khứ để tìm hiểu được lịch sử, những kiến thức mà học sinh được học thực chất là một lời nói dối và buộc họ phải tìm về với những ngày xưa để biết thêm về nó.
Trong tương lai không xa, một trò chơi đối kháng mới được thiết lập dựa trên công nghệ thực tế ảo và sử dụng Bankfon G, giống như Mortal Kombat nhưng người chơi sẽ có thể thuê những trang phục giúp tăng thuộc tính và sức mạnh của mình.
Ba năm trước đây, một cửa ngõ giữa Trái Đất và Beyond mở hơn thành phố New York. Trong một đêm khủng khiếp, New York đã bị phá hủy và xây dựng lại, bẫy New York và các sinh vật extradimentional như nhau trong một bong bóng bất khả xâm phạm.