Lento, một Mạo hiểm giả nuôi dưỡng ước mơ đạt được danh hiệu hạng nhất, đã gần mười năm dậm chân ở mức rank Đồng. Như mọi hôm, Lento đơn độc một mình thăm ngàn trong [Mê Cung Thủy Nguyệt] để kiếm sống qua ngày. Nhưng hôm nay anh lại bắt gặp [Rồng] trong mê cung Dành Cho Lính Mới này
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS".
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Arsène Lupin III, cháu nội của siêu đạo chích huyền thoại Arsène Lupin, được mệnh danh là tên trộm xuất chúng nhất thế giới, nổi tiếng với việc thông báo trước những vật báu quý giá mà mình sẽ định lấy đi cho chủ sở hữu của nó.Trợ thủ đắc lực và cũng là đồng minh thân cận nhất của Lupin là Daisuke Jigen, một thiện xạ - người có thể rút súng hạ gục mục tiêu trong vòng 0.3 giây. Mặc dù Lupin và Jigen thường xuyên làm việc theo nhóm hai người, nhưng đôi khi họ cũng xuất hiện cùng với Goemon
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.