Năm 100 của thời đại Taisho. Sau vụ nổ thảm họa xảy ra 16 năm trước, gần như cả Thủ Đô Tokyo đã bị phá hủy đồng thời chôn vùi cả nền “Kỹ thuật hơi nước”. Thủ Đô hiện tại đã được tái tạo nhờ một loại năng lượng mới dựa trên sức mạnh tâm linh, "Mirai."
Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của thành phố, chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn hắn, tuy nhiên cô không thể làm việc này một mình...
Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội có dính đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Cục An ninh Quốc gia gặp Motoko Kusanagi, một hacker nửa người nửa máy cao cấp thuộc đơn vị bí mật số 501. Batou, người đàn ông với "con mắt không ngủ", nghi ngờ Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Thanh tra cảnh sát Togusa đang theo đuổi cùng lúc 2 vụ án một người bị bắn chết và một cô
miêu tả về những người anh hùng, sở hữu các bí kíp tuyệt chiêu võ thuật và với họ luôn là những cuộc chiến đường phố liên miên không bao giờ chấm dứt
Câu chuyện được đặt ở New York được thắp sáng với đèn Giáng sinh. Nhân viên cảnh sát Tokyo Metropolitan Akari Kido chỉ đạo giao thông trong chương trình đào tạo trao đổi quốc tế của cô, khi một nhân vật phù thủy thích kéo một trò chơi Lễ Giáng sinh. Ngay trước khi một chiếc xe tải chạy trốn đột nhập vào Akari, một cô gái bí ẩn xuất hiện và hét lên, Tôi sẽ bảo vệ New York và Akari!