Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện.
Hayate, một cô bé bị liệt đôi chân đã tình cờ được chọn là chủ nhân của Quyển Sách Bóng Đêm. Nó sẽ dần ăn mòn cơ thể cô bé nếu 666 trang sách không được lấp đầy bởi pháp lực của những pháp sư khác. 4 hộ vệ của cô bé, những chiến binh Belka, vì muốn cứu chủ nhân nên đã giấu cô bé đi thu thập những trang sách.
Có một thành phố được ngăn cách với bên ngoài bởi biển. Nơi đây tập trung phần lớn các nhà thám hiểm và các thương nhân từ khắp mọi nơi trên thế giới về. Thành phố được xem như là kho báu có giá trị to lớn đối với thế giới. Câu chuyện diễn ra tại 1 tòa biệt thự nằm ven biển, thành viên trong đây được biết đến là tổ chức Oasis, gồm 1 chàng trai và ... cô gái
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Hakuno thấy mình bị buộc phải đấu tranh để sống sót trong một cuộc chiến mà anh không hiểu vì một giải thưởng vượt quá giá trị, Waking up trong một thế giới ảo kỳ lạ mà không hồi tưởng lại quá khứ. cơ hội để có được mong muốn của một người.