Fate/kaleid Liner Prisma-Illya là spin-off của Fate/stay night, với Illyasviel von Einzbern là nhân vật chính, một nữ sinh bình thường. Một ngày nọ, cây gậy phép ruby của tohsaka Rin (Kaleido Ruby) chán chủ nên bay đến chọn Illya làm chủ nhân, cùng lúc đó, cây gậy của Luvia (Kaleido shapphire ) cũng chọn chủ mới là bạn học của Illya.
Suzuhara Izumiko sinh ra và lớn lên trong một ngôi đèn trên núi Kamuno, năm 15 tuổi. cô chuyển lên tokyo để học trung học. Trên đường đi, một vật thể tên là “Himegami” xuất hiện. Từ đó bí mật của gia tộc cô dần dần hé lộ.
Trong năm 298 từ thời của các vị thần, các học sinh tiểu học Sumi Washio, Sonoko Nogi và Gin Minowa được giao nhiệm vụ quan trọng. Họ sẽ trở thành anh hùng và chiến đấu với Vertex, một kẻ thù bí ẩn đang tấn công Shinju-sama, cây thần để bảo vệ Shikoku, khu vực duy nhất trên thế giới vẫn còn sống được. Điều mà họ không biết là cuộc chiến này sẽ tốn kém nhiều hơn những gì họ có thể tưởng tượng được.
Ba cô gái tên là Anita, Michelle và Maggie được thuê để bảo vệ 1 tác giả người Nhật là Nenene Sumiregawa trong thời gian cô ở Hồng Kông. Trong 1 sự cố họ đã cứu lấy Nenene, cô đã phát hiện ra "Chị em nhà Giấy" có khả năng điều khiển giấy - một khả năng mà người bạn bị mất của cô - Yomiko "The paper Readman" đã từng sử dụng. Sau sự cố máy bay, 3 chị em nhà giấy đến ở nhà Nenene tại Nhật và mọi chuyện bắt đầu từ đây...!
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.