Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.
Anh đến từ châu Phi và chiến đấu sát cánh lãnh chúa phong kiến hùng mạnh trong thế kỷ 16 đầy bạo tàn ở Nhật Bản. Họ gọi anh là Samurai đen và anh trở thành huyền thoại.
Đầu tiên, một con tàu ngoài hành tinh kỳ lạ xuất hiện ở Tokyo, và sau đó một học sinh mới chuyển đến trường bí ẩn với một bộ đồng phục cổ điển. Tên của cậu là Muryou, và khi cậu ta đến, mọi thứ bắt đầu thay đổi.
Câu chuyện kể về một người đàn ông tên Toru Amuro, người luôn che giấu nhiều bí mật trong cuộc đời mình. Anh ta có nhiều danh tính khác nhau, chẳng hạn như một cảnh sát, một người theo chủ nghĩa âm nhạc của Bourbon, hoặc em trai của anh ta.
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng