Một cuộc đại chiến đã nổ ra trong nhiều năm giữa phe Empire và phe Nebulis, thuở là vương quốc của những nữ pháp sư- cho đến khi các hiệp sĩ trẻ tuổi nhận được danh hiệu mạnh nhất từ phe Empire để gặp gỡ công chúa của phe đối thủ
Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng
Vì một vụ tai nạn máy bay bắt đầu từ hôm nay, chúng tôi dành cả mùa xuân của cuộc đời mình trên một hòn đảo sa mạc !! Không có gì ở đây, vì vậy chúng tôi phải làm mọi thứ !! Và ăn tất cả mọi thứ !! (Ugh!) Hãy xem câu chuyện sinh tồn của nữ sinh trung học của chúng ta về lòng can đảm và trí tuệ. Chúng tôi thực sự đang làm khá tốt!
Ma Vương Arnos, kẻ đã quá chán ngấy vì cảnh đối địch giữa nhân loại, tinh linh và thần linh. Vậy nên hắn đã quyết định sẽ hi sinh bản thân mình bằng cách dựng nên một bức tường ngăn cách nhân loại, tinh linh,... Chấm dứt một khoảng thời gian dài đối địch liên miên. Và hắn đã dự định sẽ đầu thai lại vào 2000 năm sau.